Martín Jorge Guise: Al servicio del Perú

Con el retiro de Cochrane del Perú en 1821, San Martín nombró a Guise contralmirante de la recientemente creada escuadra peruana pero renunció al servicio en febrero de 1822 al asumir el mando de esta escuadra con el grado de vicealmirante el chileno Manuel Blanco Encalada, por rencillas que había tenido con él durante su servicio en Chile para ponerse bajo su mando. 

A principios de 1823 volvió a asumir el mando de la flota peruana con el grado de vicealmirante, colaborando con el transporte de tropas, y a principios de 1824, estableció un Bloqueo en el puerto del Callao en conjunto con la escuadrilla naval gran colombiana que quedó a su mando, ya que ese puerto había sido retomado por los realistas tras una sublevación militar el 5 de febrero.

Su bloqueo en este puerto fue interrumpido ese año por una expedición naval española al mando del capitán de navío Roque Guruceta, con quien se batió, sin resultados concluyentes el 7 de octubre. Al partir la escuadra española al sur, con destino al puerto de Quilca, Guise se dirigió con su flota al astillero de Guayaquil, donde el 7 de enero de 1825 fue arrestado por el intendente del lugar, general venezolano Juan Paz del Castillo, por haber levantado el bloqueo al Callao.

Bolívar había dado la orden de llevarlo a Cuenca, pero su estado de salud lo impidió. Posteriormente fue llevado a Lima en gran escándalo, y el 5 de mayo de 1826 se le lleva a juicio y se le mantuvo preso. Al retirarse Bolívar del Perú, el Consejo de Guerra a cargo del juicio entró en autonomía y ordenó la libertad de Guise el 26 de septiembre de 1826. Se le restituyó el cargo de vicealmirante de la escuadra. Y además se mandó pedir "la satisfacción que merecen el agravio e insulto nacional hechos por el Gobernador de Guayaquil en su persona y la bandera de nuestra República". Fue el congreso en 1828 y la presidencia del general José de la Mar, los que hicieron efectiva las resoluciones.